引物設(shè)計軟件Oligo

Oligo是一款為生物DNA研究人員提供的引物設(shè)計工具，這款軟件主要用于設(shè)計和分析序列和PCR引物。Oligo符合引物設(shè)計的原則，相關(guān)行業(yè)人員可以通過這款軟件來合成基因和各種探針，包括小分子干擾核苷酸和分子信標(biāo)。

功能特色：

1、分析TM和內(nèi)部穩(wěn)定性，繪制溶解溫度圖和穩(wěn)定性圖

2、給出寡核苷酸的重要相關(guān)信息

3、顯示正向引物、反向引物和當(dāng)前的OLIGO里潛在的連接物，潛在的二聚物也可顯示出來

4、分析顯示在選中的正向引物或反向引物中基本的成份和溶解溫度

5、精確地分析出生物信息軟件中的錯配位點

6、正向引物和反向引物選中后，能自動產(chǎn)生PCR實驗條件和PCR產(chǎn)物信息

安裝方法：

1.下載軟件包解壓，雙擊“Oligo7Win_Setup.exe”，點擊next。

2.選擇軟件的安裝目錄，建議安裝在C盤之外的其他盤中。

3.選擇開始菜單文件夾，默認(rèn)即可。

4.勾選創(chuàng)建桌面快捷方式。

5.準(zhǔn)備安裝，點擊install開始安裝。

6.正在安裝軟件，請稍等。

7.安裝完成，點擊finish。

8.運行桌面快捷方式打開軟件，彈出一個窗口，復(fù)制到“Workstation Code”信息。

9.打開軟件包中的注冊機(jī)文件“Keygen.exe”，將上面Workstation Code的代碼復(fù)制到補(bǔ)丁中，點擊generate生成代碼。

10.然后將注冊機(jī)中生成的“Access Code”復(fù)制到軟件窗口中的“Access Code:”文本框中。

11.單擊“Confirm Code”按鈕即可完成。

使用教程：

1、首先，同Oligo 6 一樣，F(xiàn)ile菜單下，選擇New sequence ,打開窗口將目的序列粘貼進(jìn)來，或是選擇Open定位到目的cDNA序列（在primer中，該序列已經(jīng)被保存為Seq文件），這是最初打開時的界面：

2、然后就是進(jìn)行引物的設(shè)計了。Search 菜單下，選擇for primes &probes ,即出現(xiàn)引物搜尋窗口:

3、根據(jù)自己的實際情況選擇Parameters 或Ranges設(shè)置引物的相關(guān)參數(shù)和范圍。然后選擇Search即開始進(jìn)行引物的搜索，之后會出現(xiàn)軟件所列出的依據(jù)得分（Score）高低排列設(shè)計的引物。

4、雙擊每一行所列出的引物會彈出該對引物的具體信息，以及軟件對該對引物的相關(guān)評價。

5、雙擊之后在最初的Sequence 窗口中就會出現(xiàn)下面的窗口:

6、點擊綠色方形圖標(biāo)前面的i標(biāo)志可了解對應(yīng)的具體信息。

7、之后便是對該引物的具體分析了，這部分的分析同Oligo 6基本上是一樣的。 選擇Analyze菜單，如下圖：

（1）Analyze中，第一項為Key info，點擊Selected primers，會給出兩條引物的概括性信息，其中包括引物的Tm值，此值oligo7破解版是采用nearest neighbor method計算，會比Primer5中引物的Tm值略高，此窗口中還給出引物的Delta G和3’端的Delta G.3’端的Delta G過高，會在錯配位點形成雙鏈結(jié)構(gòu)并引起DNA聚合反應(yīng)，因此此項絕對值應(yīng)該小一些，最好不要超過9。
（2）Analyze中第二項為Duplex Formation，即二聚體形成分析，可以選擇上游引物或下游引物，分析上游引物間二聚體形成情況和下游引物間的二聚體情況，還可以選擇Upper/Lower ，即上下游引物之間的二聚體形成情況。引物二聚體是影響PCR反應(yīng)異常的重要因素，因此應(yīng)該避免設(shè)計的引物存在二聚體，至少也要使設(shè)計的引物形成的二聚體是不穩(wěn)定的，即其Delta G值應(yīng)該偏低，一般不要使其超過4.5kcal/mol，結(jié)合堿基對不要超過3個。Oligo此項的分析窗口中分別給出了3’端和整個引物的二聚體圖示和Delta G值。
（3）Analyze中第三項為Hairpin Formation，即發(fā)夾結(jié)構(gòu)分析�？梢赃x擇上游或者下游引物，同樣，Delta G值不要超過4.5kcal/mol，堿基對不要超過3個。
（4）Analyze中第四項為Composition and Tm，會給出上游引物、下游引物和產(chǎn)物的各個堿基的組成比例和Tm值。上下游引物的GC％需要控制在40％～60％，而且上下游引物之間的GC％ 不要相差太大。Tm值共有3個，分別采用三種方法計算出來，包括nearest neighbor method、％GC method和2(A＋T)＋4(G＋C)method，最后一種應(yīng)該是Primer5所采用的方法，Tm 值可以控制在50～70度之間。
（5）第五項為False Priming Sites，即錯誤引發(fā)位點，在Primer5中雖然也有False priming分析，但不如oligo詳細(xì)，并且oligo會給我正確引發(fā)效率和錯誤引發(fā)效率，一般的原則要使誤引發(fā)效率在100以下，當(dāng)然有時候正確位點的引發(fā)效率很高的話，比如達(dá)到400～500，錯誤引發(fā)效率超過100幅度若不大的話，也可以接受。
（6）Analyze中，有參考價值的最后一項是“PCR”，在此窗口中，是基于此對引物的PCR反應(yīng)Summary，并且給出了此反應(yīng)的最佳退火溫度，另外，提供了對于此對引物的簡短評價。若該引物有不利于PCR反應(yīng)的二級結(jié)構(gòu)存在，并且Delta G值偏大的話，oligo7破解版在最后的評價中會注明，若沒有注明此項，表明二級結(jié)構(gòu)能值較小，基本可以接受。
(7)另外，Internal stability也很重要，最好是中間高兩邊低的弧形。